Пятый Вселенский Собор (Константинопольский II) был в Константинополе, при святом благоверном царе Юстиниане I (527-565) в 553 году, для решения вопроса о правоверии трех давно умерших епископов: Феодора Мопсуетского, Феодорита Кирского и Ивы Эдесского, которые еще во времена Третьего Вселенского Собора (4З1; память 9 сентября) в своих писаниях выражали несторианские мнения. Так как Собор Халкидонский (451; память 16 июля), осудивший монофизитов и обвиняемый ими в несторианстве, не осудил трех указанных епископов (равно как и Третий Вселенский), то, чтобы отнять у евтихиан повод к обвинению православных в сочувствии несторианству и расположить еретичествующую партию к единению с последователями Халкидонского Собора, святой Юстиниан издал указ, в котором в трех отдельных "Главах" осуждались три упомянутых епископа. Но так как этот указ не был признан всеми представителями Церкви (особенно на Западе и, в частности, в Африке), то возник спор о "Трех главах". Для решения этого спора и был созван Пятый Вселенский Собор.

На этом Соборе присутствовало 165 епископов. Папа Вигилий (537-555), бывший в Константинополе, отказался участвовать в Соборе, хотя был три раза приглашаем официальной депутацией от имени собравшихся епископов и самого императора. Собор открылся под председательством святого Евтихия, Патриарха Константинопольского (552-565; 577-582). Согласно императорскому эдикту, дело о "Трех главах" было тщательно рассмотрено в продолжении восьми заседаний с 4 мая по 2 июня 553 года. Анафема (проклятие) была произнесена на лицо и на учение Феодора Мопсуетского безусловно; но относительно Феодорита и Ивы осуждение ограничилось только некоторыми сочинениями, лица же их как очищенные Халкидонским Собором без сомнения, вследствие раскаяния, были пощажены от анафемы. Необходимость этой меры была обусловлена тем, что в осужденных сочинениях содержались высказывания, позволявшие несторианам толковать в свою пользу определения Халкидонского Собора. Но снисхождение отцов Собора в духе икономии в отношении лично епископов Ивы и Феодорита ожесточило монофизитов против соборного решения. Несмотря на это, император повелел обнародовать соборное постановление, а Папу Вигилия как единомышленника еретиков наказать отлучением от Церкви. Впоследствии Папа согласился с общим мнением отцов и подписал соборное определение. Но епископы Истрии и вся область Аквилейского митрополита более века оставались в расколе.

На Соборе отцы рассматривали также заблуждения пресвитера Оригена, знаменитого церковного учителя III века. Его учение о предсуществовании человеческих душ было осуждено. Осуждены были также еретики, не признававшие общее воскресение мертвых.